El régimen de Ortega canceló la personalidad jurídica de la orden franciscana y de otras instituciones, repitiendo lo que ya había hecho con la Compañía de Jesús —orden a la que pertenece el Papa Francisco— y con la Universidad Centroamericana, fundada por los jesuitas en 1960.

El pretexto de la dictadura para el cierre también fue el mismo: el gobierno de Nicaragua afirmó que la orden franciscana no informó sus fuentes de financiación y donaciones. Los bienes muebles e inmuebles de todas las instituciones serán transferidos al Estado.