Morales se sumó al plantel de Cerro durante los duros tiempos de la Pandemia, luego de no haber tenido demasiadas oportunidades en Olimpia, del cual fue producto de sus inferiores. Con un perfil sumamente bajo siendo parte de las alternativas del por entonces DT, Francisco Arce, ingresó por primera vez en un juego ante General Díaz del Clausura 2020, el cual Cerro de hecho estaba perdiendo en ese momento.

Finalmente terminó marcando uno de los goles para la remontada del Ciclón, y tan solo unos días después demostraría que era un delantero al cual se le debía tener en cuenta, convirtiéndole a su ex club Olimpia para darle la victoria al azulgrana en un clásico. Desde entonces fue prácticamente el principal goleador de Cerro, rindiendo en todo momento.

Uno de sus momentos más cruciales, que de hecho se menciona y se ve en el vídeo de despedida, fue la tremenda jugada previa que armó para dar pie el ya hoy histórico gol de Juan Patiño en el último segundo ante Guaraní, el cual le dio a Cerro el Clausura 2021. En 2022, una lesión durante un partido con la Selección en el que de hecho marcó un gol, frenó su buen paso ya que lo dejó fuera de toda la temporada.

Ya de vuelta este 2023 demostró seguir en un gran nivel y esto lo llevó a ser comprado por el Toluca mexicano.