El juez fue recusado dos veces por la defensa de los acusados utilizando el mismo argumento, por supuestamente haber intervenido en la causa cuando era agente fiscal. 

La primera recusación fue presentada el 8 de abril por Gloria María Barrios, cuya defensa alegó que la objetividad del juez Estigarribia se “ve seriamente comprometida” debido a su intervención del 17 de marzo de 2023, cuando Estigarribia cumplía la función de fiscal, cuando hizo la solicitud de prórroga extraordinaria para la presentación del requerimiento conclusivo, sin embargo el Tribunal de Apelación en lo Penal, especializado en Delitos Económicos, Crimen Organizado y Anticorrupción, debido a que hubo un error en la consignación del nombre del nombre del fiscal que requirió dicha prórroga, siendo el correcto Juan Manuel Ledesma. 

Días después la defensa de Esteban Alvarez Quevedo y Juan Vicente Caballero, recusaron al magistrado con un argumento similar, por haber impulsado  investigativos en la presente causa, requiriendo informes a la Gobernación del Departamento Central de donde resultó más tarde que en el inicio del proceso para Álvarez Quevedo y Vicente Caballero.

Nuevamente la Cámara confirmó a Estigarribia por resolución del 24 de abril, teniendo en cuenta que su intervención no se dio en la presente causa, sino en otra en la cual también está acusado Hugo Javier y otros funcionarios, por un perjuicio de G 5.000 millones a la Gobernación. 

La defensa de Álvarez y Caballero presentó el pasado viernes un recurso contra esta confirmación, lo que fue utilizado por la defensa de Hugo Javier para alegar que la competencia del juez Estigarribia no está firme.  

El fiscal Silvio Corbeta comentó luego de la suspensión de la audiencia, que la recusación podría considerarse un recurso dilatorio, pero destacó que el plazo de prescripción no corre cuando se hacen este tipo de recursos. 

“Ya hay sentencias condenatorias de varios funcionarios que ya reconocieron y admitieron su participación en los hechos, eso es positivo para el Ministerio Público porque significa que eventualmente hay elementos de convicción para lograr una condena de todas las personas que participaron en el perjuicio”.