El conteo oficial de la ONPE comenzó con fluctuaciones en los primeros días. En algunas etapas intermedias Sánchez llegó a registrar una leve ventaja, pero a medida que avanzó el escrutinio, especialmente con la inclusión de votos del extranjero y de distritos urbanos, Fujimori consolidó y amplió su margen.

Según los últimos reportes de la ONPE, con más del 99 % de las actas contabilizadas, Fujimori acumula alrededor de 9,12 millones de votos y Sánchez cerca de 9,09 millones. Ambos candidatos han presentado impugnaciones sobre miles de actas durante el proceso. Fuerza Popular cuestionó resultados en zonas rurales donde Sánchez obtuvo mayor apoyo, mientras que Juntos por el Perú impugnó actas en distritos de Lima donde Fujimori registró mejores desempeños. Estas observaciones serán resueltas por los Jurados Electorales Especiales y, en última instancia, por el JNE.

El organismo electoral ha indicado que la proclamación oficial del presidente electo para el periodo 2026-2031 se realizará previsiblemente a mediados de julio, una vez concluido el procesamiento total de actas y la resolución de todas las impugnaciones. Hasta ese momento, el resultado se mantiene sujeto a posibles variaciones, aunque la tendencia actual del conteo favorece a Fujimori. Esta es la cuarta vez que Keiko Fujimori disputa un balotaje presidencial.

En las ocasiones anteriores (2011, 2016 y 2021) fue derrotada por estrechos márgenes. Roberto Sánchez, congresista y exministro, accedió a la segunda vuelta tras obtener el segundo lugar en la primera vuelta de abril.