En la primera fase, participarán equipos de todos los países excepto de Brasil y Argentina. Estos clubes buscarán hacerse un lugar en la fase de grupos.

De los 44 equipos clasificados, 32 de ellos empezarán la primera ronda que será disputada entre equipos del mismo país, en una fase nacional: Bolivia (4), Chile (4), Colombia (4), Ecuador (4), Paraguay (4), Perú (4), Uruguay (4) y Venezuela (4).

Para determinar los lances, se llevará a cabo un sorteo entre los cuatro clubes de cada país. La localía del primer juego será para el segundo equipo sorteado. Los dos ganadores, irán a fase de grupos.

En la fase de grupos serán añadidos los seis representantes de Argentina y Brasil, más los 4 equipos perdedores de los enfrentamientos de la Fase 3 de la Libertadores, sumado a los 16 clasificados de la primera ronda de la Sudamericana.

Las 32 instituciones que se dividirán en 8 grupos de cuatro clubes cada uno, partidos de ida y vuelta en formato de todos contra todos. Solamente el ganador de cada grupo avanzará a octavos de final y se agregarán a los clubes que finalicen terceros en la fase de grupos de la Libertadores.

Los juegos serán a ida y vuelta, salvo la final que será única y en sede a definir el 6 de noviembre.