Núñez está imputado por los hechos punibles de lesión de confianza; producción de documentos no auténticos; producción inmediata y uso de documentos públicos de contenido falso. La Fiscalía acusa que durante el período comprendido entre 2008 y 2013, habría existido un presunto desfalco de recursos que debían ser destinados a educación, salud y pueblos indígenas.

El Tribunal de Sentencia está presidido por Elsa García, Claudia Criscioni y Cándida Fleitas y los otros cinco acusados en la causa son Nancy Genoveva Núñez de Rousillón, Rubén Antonio Rousillón, Marlene Altemburger Da Silva, Edulfo Antonio Verón y Raúl Ernesto Delgado, los cuatro primeros funcionarios de la Gobernación y el último del Opaci.

Debido a varias chicanas, la audiencia preliminar se suspendió en 33 ocasiones a lo largo de siete años, hasta que el juicio inició finalmente el 6 de febrero pasado.