Según los antecedentes, el ahora condenado había tenido un conflicto con su primo Isidro, quien supuestamente había asesinado a su hermano hace una década; el 2 de noviembre del 2020, aproximadamente a las 10:30, Rafael fue hasta la casa del matrimonio, donde tuvo una discusión por este hecho durante la cual atacó a tiros a ambos con un revólver calibre 22 mm. Los cuerpos fueron descubiertos a las 14:30 horas por un vecino, quien alertó a las autoridades policiales.

Después de cometer el crimen, el autor escapó del lugar en el automóvil de la pareja que fue encontrado días después, el 11 de noviembre. Además, el homicida se apoderó de los celulares de las víctimas que luego vendió por 300 mil guaraníes a un adolescente en la localidad de Paso Yobai, Guairá.

El médico forense del Ministerio Público, el Dr. Hugo Céspedes, determinó que ambas víctimas recibieron un disparo cada una, Isidro en el lado derecho de la espalda, mientras Isabel en la cabeza. La causa de muerte fue «shock hipovolémico por disparo de arma de fuego».

El fiscal Osvaldo Zaracho representó al Ministerio Público; el Tribunal estuvo integrado por por los jueces Oscar Gabriel Genez, Evangelina Villalba y Lourdes Morínigo